1、生物反應工程方向：包括生化工程團隊和生物質化學品團隊，方向帶頭人為賈士儒教授和劉浩教授；
2、現代釀造技術方向：包括現代釀造技術團隊Ⅰ和Ⅱ，方向帶頭人為肖冬光教授；
3、酶與生物催化工程方向：包括應用微生物與酶工程團隊和微生物制藥團隊，方向帶頭人為路福平教授和王敏教授；
4、代謝工程方向：方向帶頭人為陳寧教授；
5、生物制藥方向：包括分子藥理學團隊和基因工程藥物與分子細胞生物學團隊，方向帶頭人為張同存教授和刁愛坡教授；
6、藥物化學方向：包括藥物合成與設計團隊和中藥生物工程團隊，方向帶頭人為郁彭教授。
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